Hugo Fattoruso comenzó a actuar profesionalmente a los doce años (en 1956), tocando como acordeonista y pianista en el Trío Fattoruso, junto a su padre, Antonio Fattoruso y su hermano Osvaldo.
Hacia 1959 se integró en la banda de swing y dixieland The Hot Blowers, por la cual pasaron otros músicos como Osvaldo Fattoruso, Rubén Negro Rada, Federico García Vigil, Paco Mañosa, Cacho de la Cruz, Morís Pardo, Ringo Thielman, TomásChocho Paolini, Guillermo Facal, Moisés Rouso, Ramón Bebé Alfonso, Enrique Pelo de Boni y Daniel Bachicha Lencina
Esta banda logró cierto reconocimiento regional, logrando editar tres álbumes EP y realizando una extensa gira por territorio chileno.

Carrera juntos a Los Shakers

En los años sesenta formó una mítica banda de rock, Los Shakers, que difundió el rock de influencia británica en América Latina, influyendo a su vez, en la aparición del llamado rock nacional tanto de Uruguay como de Argentina, partir de 1967. La banda estaba integrada por él mismo en voz y guitarra, su hermano Osvaldo Fattoruso, también en voz y guitarra, Pelín Capobianco como bajista y Carlos Villa en batería.

Trayectoria con la banda Opa

En 1969, ambos hermanos se radicaron en Estados Unidos, formando el grupo Opa, junto a Ringo Thielmann. El grupo fue uno de los primeros en fusionar el rock, el jazz y ritmos latinoamericanos, en este caso el candombe, así como ritmos brasileños. En algunos discos participó Rubén Rada.1Hermeto Pascoal "Goldenwings (1976), Flora Purim, Airto Moreira, "Magic Times (1977).
Luego de vivir varios años en Estados Unidos, volvió a Uruguay en 1981 y se presentó en vivo junto con Opa, los días 8 y 9 de abril en el Cine Teatro Plaza, histórica presentación en su país de una banda que ya era de culto.
En 1981, formó el grupo Barcarola junto con Pippo Spera, Eduardo Márquez, su hermano Osvaldo,Susana Bosch y su en ese entonces esposa, María de Fátima. Se presentaron en vivo en el Teatro Stella y en el estadio Luis Franzini. En este último show estuvo como invitado el brasileño Geraldo Azevedo, autor de algunos temas del repertorio de Barcarola.
Posteriormente a la separación de Barcarola, y ante la falta de trabajo en Uruguay, se radicó en Brasil, trabajando principalmente con Milton Nascimento, y otros artistas como Djavan, Chico Buarque, Naná Vasconcelos, Geraldo Azevedo y Toninho Horta. Grabó varios álbumes con Milton Nascimento, entre ellos Nascimento (ganador en 1997 del Premio Grammy). En 2000, los hermanos Hugo y Osvaldo recrearon su inicial Trío Fattoruso, ahora conFrancisco Fattoruso, su hijo, como bajista.